De Zavelkerk heeft een grote muziektraditie, die teruggaat tot de 15de eeuw, zoals blijkt uit verschillende hoekstenen of zwikken in het koor die instrumenten uit die periode voorstellen, waaronder een organetto.

In de 17de eeuw had de beroemde componistenfamilie Fiocco de muzikale leiding aan het Brusselse hof en in de Zavelkerk. In 1700 werd in Brussel het eerste Belgische publieke operahuis ingehuldigd: de Muntschouwburg. Fiocco was er de eerste directeur Zijn begrafenis vond plaats in de Zavel, de kerk waaraan hij zijn faam te danken had.

De kerk had al in de 16de eeuw orgels, maar de huidige grote instrumenten op de galerij werden in 1763 gemaakt door orgelbouwer Jean-Baptiste Barnabé Goynaut. De orgelkast is van de Brusselse timmerman Jean Van Gelder. Het is in Brussel het laatste nog overgebleven exemplaar uit deze periode. Het orgel onderging diverse restauraties en in 1989 kreeg de Luxemburgse orgelbouwer Georg Westenfelder de taak om het weer bij de tijd te brengen. Hij bewaarde de geest van het instrument en voegde slechts één pedaalklavier toe dat zeven rijen pijpen bedient. Die zijn opgesteld in een discrete kast achter het historische orgelbuffet. Dit ’41-spelen’-orgel met zijn drie klavieren en een pedaalklavier telt 2520 pijpen. Het orgel begeleidt de drie zondagsmissen en vult het schip van de kerk met zijn klanken ook tijdens concerten. De renovatie werd mogelijk gemaakt dankzij het mecenaat van de Morgan Guaranty Trust. Het medaillon bovenaan op het orgel stelt de heilige Cecilia voor, de beschermheilige van de muzikanten.